Blockveranstaltung: Bioinformatics of high-throughput NGS: single-cell RNA-seq and Oxford Nanopore third-generation sequencing technologies - Details

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Allgemeine Informationen

Veranstaltungsname Blockveranstaltung: Bioinformatics of high-throughput NGS: single-cell RNA-seq and Oxford Nanopore third-generation sequencing technologies
Untertitel
Veranstaltungsnummer 340671
Semester SoSe 2024
Aktuelle Anzahl der Teilnehmenden 6
maximale Teilnehmendenanzahl 6
notwendige Teilnehmeranzahl 3
Heimat-Einrichtung Göttinger Graduiertenzentrum für Neurowissenschaften, Biophysik und molekulare Biowissenschaften (GGNB)
beteiligte Einrichtungen Georg-August University School of Science (GAUSS) (für Mathematik und Naturwissenschaften)
Veranstaltungstyp Blockveranstaltung in der Kategorie Lehre
Erster Termin Mittwoch, 15.05.2024 09:00 - 17:00
Art/Form
Voraussetzungen Basic programming skills (R, Python) are not strictly necessary, but would be beneficial.
Sonstiges The course will take place in presence at Seminarraum - Multifunktionsgebäude, EG Room (Deutsches Primatenzentrum GmbH, Kellnerweg 4, 37077 Göttingen).

The course instructors are Laura Ahumada Arranz and Charlotte Höltermann.

Räume und Zeiten

Keine Raumangabe
Mittwoch, 15.05.2024 09:00 - 17:00
Donnerstag, 16.05.2024 09:00 - 17:00

Studienbereiche

Kommentar/Beschreibung

This course is designed to provide students with a comprehensive understanding of NGS technologies and their applications, with a focus on data from third-generation sequencing technologies (Oxford Nanopore) and single-cell RNA-seq (scRNA-seq). The course will consist of theoretical lectures in the morning and guided programming exercises in the afternoon to ensure a hands-on learning experience.

On the first day, in the theoretical segment, students will learn about preparing a library and conducting a sequencing run using Oxford Nanopore technology, focusing on enriching samples in regions of interest through techniques like Cas9 targeted enrichment or adaptive sampling and the practical applications of such methods. In the practical component, students will be guided on handling Nanopore NGS data output, understanding different formats, preparing FASTQ data, aligning sequences using tools like minimap2, running Nextflow pipelines for sample enrichment analysis, performing de novo and reference-based assemblies, evaluating assembly quality, annotating the output assembled sequences and visualizing results in IGV.

On the second day of the course, a short theoretical introduction to the analysis of scRNA-seq data will be given where the students will learn the options they have when planning a scRNA-seq experiment, where to find information, tutorials and help and where to find public databases. During the practical session students will learn how to deal with scRNA-seq data, how to avoid common pitfalls when analyzing scRNA cell data and what are the available software packages for data analysis.

A handout will be given to all students with a summary on the topics learned, and a list of websites and publications with more in-depth information. Attendance and participation in the programming exercises will be the requirements for obtaining credits. A laptop with a working internet connection (eduroam) is needed for the exercises.
Important:

Once participation has become binding after the signing-out period, cancellation is only possible via the GGNB or GAUSS Office with a) sick certificate, or b) statement by supervisor for scientific reasons. If you do not provide this, you will be excluded from courses for the next 12 months, as well as travel grants and other financial support. No exceptions.

By signing up you agree (1) to carefully check whether you will be able to attend the course (do not register for 2 courses taking place on the same dates - the above mentioned sanctions apply!), (2) to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account; (3) that your name and e-mail address may be forwarded to the course instructor(s) for communication before and after the course; (4) to complete the course evaluation; (5) inform us if you no longer wish to maintain a waiting list position; (6) that you only receive credits for attending the entire workshop - you will not get partial credits for part-time attendance.

Anmelderegeln

Diese Veranstaltung gehört zum Anmeldeset "GGNB_Methods_2024_SoSe_April_Juni".
You can register and sign out for methods courses in June 2024 from 1-20 April 2024. The slots will be assigned around 25 April 2024.
In exceptional circumstances, you can still sign out until 30 April 2024.
Your participation becomes binding on 2 May 2024. Thereafter, cancellation is only possible via the GGNB Office with a) sick certificate, or b) statement by supervisor (for scientific reasons). If you do not provide this, you will be excluded from courses for the next 12 months, as well as travel grants and other financial support.

By signing up you agree (1) to carefully check whether you will be able to attend the course (do not register for 2 courses taking place on the same dates – the above mentioned sanctions apply!), (2) to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account; (3) that your name and e-mail address may be forwarded to the course instructor(s) for communication before and after the course; (4) to complete the course evaluation.
Folgende Regeln gelten für die Anmeldung:
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Studienfach ist Computer Science -PCS-
    • Studienfach ist Molekulare Biologie
    • Studienfach ist PhysicsBiologComplexSyste
    • Studienfach ist Systems Neuroscience
    • Studienfach ist Materialforschung Holz
    • Studienfach ist MolecularBiology of Cells
    • Studienfach ist Geographie
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Behavior and Cognition
    • Studienfach ist Theoret Computat Neurosci
    • Studienfach ist Neurowissenschaften
    • Studienfach ist IRTG 2172 - PRoTECT
    • Studienfach ist Psychologie
    • Studienfach ist Molekulare Medizin
    • Studienfach ist Umweltinformatik
    • Studienfach ist Emerging Infect. Diseases
    • Studienfach ist Genome Science
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Geoscience
    • Studienfach ist Biologie
    • Studienfach ist Genes in Development, Disease and Evolution
    • Studienfach ist Biologische Diversität und Ökologie
    • Studienfach ist Physik
    • Studienfach ist Microbiology-Biochemistry
    • Studienfach ist Mathematical Sciences
    • Studienfach ist Geography
    • Studienfach ist Chemie
    • Studienfach ist BioNutz-MolwissBiotechnol
    • Studienfach ist Biomol:Struc-Func-Dynamic
    • Studienfach ist Cardiovascular Science
    • Studienfach ist Catalysis Sust.Synt.CaSuS
    • Studienfach ist SensoryMotor Neuroscience
    • Studienfach ist MolecularPhysi oftheBrain
    • Studienfach ist MetalSites i.Biomolecules
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Abschluss ist PromProgramm Cotutelle
    • Abschluss ist PromStudiengang Cotutelle
    • Abschluss ist Promotionsprogramm
    • Abschluss ist Promotionsstudiengang
    • Abschluss ist Promotion m.Abschlussprfg
    • Abschluss ist Promotion Cotutelle
  • Die Anmeldung ist möglich von 01.04.2024, 00:00 bis 20.04.2024, 23:59.
  • Es wird eine festgelegte Anzahl von Plätzen in den Veranstaltungen verteilt.
    Die Plätze in den betreffenden Veranstaltungen wurden am 25.04.2024 um 23:59 verteilt. Weitere Plätze werden evtl. über Wartelisten zur Verfügung gestellt.
  • Die Anmeldung zu maximal 2 Veranstaltungen des Anmeldesets ist erlaubt.
Veranstaltungszuordnung:

Anmeldemodus

Die Anmeldung ist verbindlich, Teilnehmende können sich nicht selbst austragen.