Blockveranstaltung: Single-cell RNA-seq Analysis Using Python - Details

Blockveranstaltung: Single-cell RNA-seq Analysis Using Python - Details

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Allgemeine Informationen

Veranstaltungsname Blockveranstaltung: Single-cell RNA-seq Analysis Using Python
Untertitel
Veranstaltungsnummer 340000
Semester SoSe 2024
Aktuelle Anzahl der Teilnehmenden 13
maximale Teilnehmendenanzahl 12
notwendige Teilnehmeranzahl 2
Heimat-Einrichtung Georg-August University School of Science (GAUSS) (für Mathematik und Naturwissenschaften)
beteiligte Einrichtungen Göttinger Graduiertenzentrum für Neurowissenschaften, Biophysik und molekulare Biowissenschaften (GGNB)
Veranstaltungstyp Blockveranstaltung in der Kategorie Lehre
Erster Termin Dienstag, 11.06.2024 09:00 - 17:00
Art/Form
Sonstiges The course will take place online via Zoom.

Räume und Zeiten

Keine Raumangabe
Dienstag, 11.06.2024 09:00 - 17:00
Mittwoch, 12.06.2024 09:00 - 17:00
Donnerstag, 13.06.2024 09:00 - 17:00
Freitag, 14.06.2024 09:00 - 17:00

Studienbereiche

Kommentar/Beschreibung

While transcriptional analysis by scRNA-seq continues to revolutionize the biological sciences, the demand for corresponding computational and statistical skills are becoming an essential skill for biologists. This course is designed for biologists with a basic skills of programming to confidently conduct the course and scRNA-seq data analysis. With a variety of scRNA-seq methodologies at our disposal, the challenge lies in using appropriate tools in the right way to draw meaningful biological conclusions. This course aims to provide an introduction to this complex landscape. In practical exercises with a real data set, you'll learn how to use computational methods and make sense of your results. Each day will start with lectures in the morning, followed by guided practical programming sessions in the afternoon to facilitate an experiential learning environment.

Day 1: Introduction to Single-cell RNA-Sequencing: including experimental design and processing raw reads to derive gene count matrices. The afternoon session will involve applied training on publicly accessible datasets and an orientation to the scverse ecosystem.

Day 2: Data Processing and Analysis: Instruction will cover quality control measures, data normalization, feature selection, batch correction and data integration, as well as methodologies for dimensionality reduction and clustering.

Day 3: Biological Data Interpretation incorporating both manual and automated cell type annotation, reference mapping, as well as differential gene expression and gene set enrichment analyses.

Day 4: Cellular Dynamics and Differentiation The session will encompass discussions on pseudotime analysis and RNA velocity, culminating in the capacity to trace and characterize cell lineage specification.

This structured, intensive course is designed to equip participants with the necessary skills to navigate and analyze single-cell RNA-sequencing data within a biological context. It is recommended that the participants have/acquire basic skills in Python.

Here is the link to an online tutorial on introduction to programming in Python: < http://swcarpentry.github.io/python-novice-gapminder/ >
Important:

Once participation has become binding after the signing-out period, cancellation is only possible via the GGNB or GAUSS Office with a) sick certificate, or b) statement by supervisor for scientific reasons. If you do not provide this, you will be excluded from courses for the next 12 months, as well as travel grants and other financial support. No exceptions.

By signing up you agree (1) to carefully check whether you will be able to attend the course (do not register for 2 courses taking place on the same dates - the above mentioned sanctions apply!), (2) to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account; (3) that your name and e-mail address may be forwarded to the course instructor(s) for communication before and after the course; (4) to complete the course evaluation; (5) inform us if you no longer wish to maintain a waiting list position; (6) that you only receive credits for attending the entire workshop - you will not get partial credits for part-time attendance.

Anmelderegeln

Diese Veranstaltung gehört zum Anmeldeset "GGNB_Methods_2024_SoSe_April_Juni".
You can register and sign out for methods courses in June 2024 from 1-20 April 2024. The slots will be assigned around 25 April 2024.
In exceptional circumstances, you can still sign out until 30 April 2024.
Your participation becomes binding on 2 May 2024. Thereafter, cancellation is only possible via the GGNB Office with a) sick certificate, or b) statement by supervisor (for scientific reasons). If you do not provide this, you will be excluded from courses for the next 12 months, as well as travel grants and other financial support.

By signing up you agree (1) to carefully check whether you will be able to attend the course (do not register for 2 courses taking place on the same dates – the above mentioned sanctions apply!), (2) to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account; (3) that your name and e-mail address may be forwarded to the course instructor(s) for communication before and after the course; (4) to complete the course evaluation.
Folgende Regeln gelten für die Anmeldung:
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Studienfach ist Computer Science -PCS-
    • Studienfach ist Molekulare Biologie
    • Studienfach ist PhysicsBiologComplexSyste
    • Studienfach ist Systems Neuroscience
    • Studienfach ist Materialforschung Holz
    • Studienfach ist MolecularBiology of Cells
    • Studienfach ist Geographie
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Behavior and Cognition
    • Studienfach ist Theoret Computat Neurosci
    • Studienfach ist Neurowissenschaften
    • Studienfach ist IRTG 2172 - PRoTECT
    • Studienfach ist Psychologie
    • Studienfach ist Molekulare Medizin
    • Studienfach ist Umweltinformatik
    • Studienfach ist Emerging Infect. Diseases
    • Studienfach ist Genome Science
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Geoscience
    • Studienfach ist Biologie
    • Studienfach ist Genes in Development, Disease and Evolution
    • Studienfach ist Biologische Diversität und Ökologie
    • Studienfach ist Physik
    • Studienfach ist Microbiology-Biochemistry
    • Studienfach ist Mathematical Sciences
    • Studienfach ist Geography
    • Studienfach ist Chemie
    • Studienfach ist BioNutz-MolwissBiotechnol
    • Studienfach ist Biomol:Struc-Func-Dynamic
    • Studienfach ist Cardiovascular Science
    • Studienfach ist Catalysis Sust.Synt.CaSuS
    • Studienfach ist SensoryMotor Neuroscience
    • Studienfach ist MolecularPhysi oftheBrain
    • Studienfach ist MetalSites i.Biomolecules
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Abschluss ist PromProgramm Cotutelle
    • Abschluss ist PromStudiengang Cotutelle
    • Abschluss ist Promotionsprogramm
    • Abschluss ist Promotionsstudiengang
    • Abschluss ist Promotion m.Abschlussprfg
    • Abschluss ist Promotion Cotutelle
  • Die Anmeldung ist möglich von 01.04.2024, 00:00 bis 20.04.2024, 23:59.
  • Es wird eine festgelegte Anzahl von Plätzen in den Veranstaltungen verteilt.
    Die Plätze in den betreffenden Veranstaltungen wurden am 25.04.2024 um 23:59 verteilt. Weitere Plätze werden evtl. über Wartelisten zur Verfügung gestellt.
  • Die Anmeldung zu maximal 2 Veranstaltungen des Anmeldesets ist erlaubt.
Veranstaltungszuordnung:

Anmeldemodus

Die Anmeldung ist verbindlich, Teilnehmende können sich nicht selbst austragen.