Blockveranstaltung: Introduction to image processing in biology with ImageJ and FIJI - online course - Details

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Allgemeine Informationen

Veranstaltungsname Blockveranstaltung: Introduction to image processing in biology with ImageJ and FIJI - online course
Untertitel
Veranstaltungsnummer 340066
Semester WiSe 2023/24
Aktuelle Anzahl der Teilnehmenden 21
maximale Teilnehmendenanzahl 15
notwendige Teilnehmeranzahl 5
Heimat-Einrichtung Göttinger Graduiertenzentrum für Neurowissenschaften, Biophysik und molekulare Biowissenschaften (GGNB)
beteiligte Einrichtungen Georg-August University School of Science (GAUSS) (für Mathematik und Naturwissenschaften)
Veranstaltungstyp Blockveranstaltung in der Kategorie Lehre
Erster Termin Mittwoch, 01.11.2023 09:00 - 16:00
Art/Form

Räume und Zeiten

Keine Raumangabe
Mittwoch, 01.11.2023 09:00 - 16:00
Donnerstag, 02.11.2023 09:00 - 16:00
Freitag, 03.11.2023 09:00 - 16:00

Studienbereiche

Kommentar/Beschreibung

An ever-increasing number of biological events can be recorded by means of micro- or nanoscopy. The resulting image-based data can be visualized and quantified with a growing array of open source software. A well-designed experiment may yield spatiotemporal information regarding events taking place at the organismal, cellular or molecular level. A proper evaluation thereof requires understanding of what an image is, how it was generated and what subsequent processing methods may be available. A major aim of the course is to make participants aware of resources they can use to educate themselves toward successful experimental design, image acquisition and analysis.

The underlying motivation for the course is the visualization and quantification of biological events based on microscope-generated images. The freely available "ImageJ"(< https://imagej.nih.gov/ij/ >) software package and its "FIJI" variant ([https://fiji.sc][1]) will be introduced towards this goal. First, the components of an image will be discussed, as well as the frequently used image types within their appropriate context. Basic concepts such as lookup tables, image calibration or the creation of multi-channel (overlay) images will be explained along with several standard situations that a microscope user is faced with on the road toward publication. Examples of basic image arithmetic and further image processing related to image stacks (i.e. time series) and 3D reconstruction will be introduced. More advanced topics will include the modification of ImageJ installs to suit the respective need. A third of the course will be dedicated to the ImageJ macro/programming language with the goal to automatically process and quantify images. Obtaining help from emerging technologies such as large language models will be discussed in this context. Other open source alternatives, such as "Cell Profiler" ([https://cellprofiler.org/][2]) or "ilastik" ([https://ilastik.org/][3]) will be introduced briefly.

Students attending the course may in advance suggest related topics they wish to have covered.

IMPORTANT: The course aims to give students without experience in image processing a way to enter the field.

The course will take place online and will be hosted by the City Campus Light Microscopy Facility (MPI MNAT); online participation information will be sent to participants 1 week prior to the course.

The course will last ~6 h/day.


Important:

Once participation has become binding after the signing-out period, cancellation is only possible via the GGNB or GAUSS Office with a) sick certificate, or b) statement by supervisor for scientific reasons. If you do not provide this, you will be excluded from courses for the next 12 months, as well as travel grants and other financial support. No exceptions.

By signing up you agree (1) to carefully check whether you will be able to attend the course (do not register for 2 courses taking place on the same dates - the above mentioned sanctions apply!), (2) to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account; (3) that your name and e-mail address may be forwarded to the course instructor(s) for communication before and after the course; (4) to complete the course evaluation; (5) inform us if you no longer wish to maintain a waiting list position.

[1]: http://fiji.sc
[2]: http://cellprofiler.org/
[3]: http://ilastik.org/

Anmelderegeln

Diese Veranstaltung gehört zum Anmeldeset "GGNB_Methods_2023_WiSe_August_Oktober".
You can register and sign out for methods courses in October 2023 from 1-20 August 2023. The slots will be assigned around 25 August 2023.
In exceptional circumstances, you can still sign out until 31 August 2023.
Your participation becomes binding on 1 September 2023. Thereafter, cancellation is only possible via the GGNB Office with a) sick certificate, or b) statement by supervisor (for scientific reasons). If you do not provide this, you will be excluded from courses for the next 12 months, as well as travel grants and other financial support.

By signing up you agree (1) to carefully check whether you will be able to attend the course (do not register for 2 courses taking place on the same dates – the above mentioned sanctions apply!), (2) to frequently check your student e-mail account, as all information on courses will exclusively be sent to that account; (3) that your name and e-mail address may be forwarded to the course instructor(s) for communication before and after the course; (4) to complete the course evaluation.
Folgende Regeln gelten für die Anmeldung:
  • Die Anmeldung ist möglich von 01.08.2023, 00:00 bis 20.08.2023, 23:59.
  • Die Anmeldung zu maximal 2 Veranstaltungen des Anmeldesets ist erlaubt.
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Abschluss ist Promotion m.Abschlussprfg
    • Abschluss ist PromStudiengang Cotutelle
    • Abschluss ist Promotion Cotutelle
    • Abschluss ist Promotionsstudiengang
    • Abschluss ist Promotionsprogramm
    • Abschluss ist PromProgramm Cotutelle
  • Es wird eine festgelegte Anzahl von Plätzen in den Veranstaltungen verteilt.
    Die Plätze in den betreffenden Veranstaltungen wurden am 25.08.2023 um 23:59 verteilt. Weitere Plätze werden evtl. über Wartelisten zur Verfügung gestellt.
  • Mindestens eine der folgenden Bedingungen muss zur Anmeldung erfüllt sein:
    • Studienfach ist Neurowissenschaften
    • Studienfach ist Physik
    • Studienfach ist IRTG 2172 - PRoTECT
    • Studienfach ist Psychologie
    • Studienfach ist Genes in Development, Disease and Evolution
    • Studienfach ist Mathematical Sciences
    • Studienfach ist PhysicsBiologComplexSyste
    • Studienfach ist Cardiovascular Science
    • Studienfach ist Molekulare Medizin
    • Studienfach ist Biologische Diversität und Ökologie
    • Studienfach ist Geoscience
    • Studienfach ist Emerging Infect. Diseases
    • Studienfach ist Geography
    • Studienfach ist Computer Science -PCS-
    • Studienfach ist Biologie
    • Studienfach ist Catalysis Sust.Synt.CaSuS
    • Studienfach ist SensoryMotor Neuroscience
    • Studienfach ist BioNutz-MolwissBiotechnol
    • Studienfach ist Umweltinformatik
    • Studienfach ist Biomol:Struc-Func-Dynamic
    • Studienfach ist Geographie
    • Studienfach ist Systems Neuroscience
    • Studienfach ist Behavior and Cognition
    • Studienfach ist Genome Science
    • Studienfach ist Theoret Computat Neurosci
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist Materialforschung Holz
    • Studienfach ist Molekulare Biologie
    • Studienfach ist MolecularBiology of Cells
    • Studienfach ist MetalSites i.Biomolecules
    • Studienfach ist Environmental Informatics
    • Studienfach ist MolecularPhysi oftheBrain
    • Studienfach ist Chemie
    • Studienfach ist Microbiology-Biochemistry
Veranstaltungszuordnung:

Anmeldemodus

Die Anmeldung ist verbindlich, Teilnehmende können sich nicht selbst austragen.